سیاه شدن مغز گردو یکی از بزرگ ترین دغدغه ی باغداران است؛ چرا که باعث ایجاد خسارت اقتصادی شدیدی به باغدار می شود و گردوها نیز بی مصرف خواهند ماند.

اولین و مهم ترین موردی که در جلوگیری از این عامل می تواند موثر باشد، خرید نهال مقاوم و سالم با انتخاب نوع عوامل ژنتیکی است که نسبت به این عارضه مقاومت نشان دهد. از دیگر علت سیاه شدن مغز گردو، کوددهی گردو و تغذیه مناسب است. کمبود عناصری همچون آهن، کلسیم و پتاسیم می تواند در سیاه شدن مغز گردو سهیم باشد.

برداشت در زمان و شیوه نامناسب نیز از عوامل این عارضه است. به طور کلی هر چقدر برداشت دیرتر انجام شود، احتمال سیاه شدن مغز گردو افزایش پیدا می کند. تنش ها و عوامل محیطی از مهم ترین عوامل در سیاه شدن مغز گردو است. با توجه به این موضوع زمان کاشت گردو در محیط مناسب بسیار توصیه می شود. بیماری ها همچون بیماری بلایت یا پوسیدگی گردو نیز می تواند سبب سیاه شدن مغز گردو شود.